apache中一般是通过.htaccess文件来限制
Apache环境规则内容如下：Apache执行php脚本限制 把这些规则添加到.htaccess文件中

RewriteEngine on RewriteCond % !^$
RewriteRule uploads/(.*).(php)$ C [F]
RewriteRule data/(.*).(php)$ C [F]
RewriteRule templets/(.*).(php)$ C[F]

nginx环境规则内容如下：nginx执行php脚本限制

LNMP有一个缺点就是目录权限设置上不如Apache，有时候网站程序存在上传漏洞或类似pathinfo的漏洞从而导致被上传了php木马，而给网站和服务器带来比较大危险。建议将网站目录的PHP权限去掉，当访问上传目录下的php文件时就会返回403错误。

首先要编辑nginx的虚拟主机配置，在fastcgi的location语句的前面按下面的内容添加：

location ~ /(data|uploads|templets)/.*\.(php|php5)?$ {
deny all;
}