CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta
时间:2020-06-17 11:15 来源:linux.it.net.cn 作者:IT
注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。
硬件环境
CPU: 50 cores
内存： 80GB
1. 安装依赖
yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2
2. 编译器的选择
使用GCC编译器
最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta.
CentOS 7.8升级gcc-8.2
使用Clang编译器
版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。
yum install epel-release
yum install clang clang-devel clang-analyzer
3.OpenMPI的编译与安装
GCC编译环境:
CentOS 7.8安装OpenMPI3.1.0
环境变量配置：
vim ~/.bash_profile
#OpenMPI
export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib
source ~/.bash_profile #立即生效
编译安装OpenMPI3.1.0
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd openmpi-3.1.0/
./configure --prefix=/usr/local/openmpi
make -j 48
make install
Clang编译环境:
环境变量配置：
vim ~/.bash_profile
export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi_clang/bin
source ~/.bash_profile #立即生效
基于clang编译安装OpenMPI3.1.0
#自行编译的方法:clang.并创建软连接。
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd openmpi-3.1.0/
./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clang
make -j 48
make install
ln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang
运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。
4.Rosetta的编译与安装
环境变量配置：
vim ~/.bashrc #打开.bashrc
#Rosetta
export ROSETTA=/opt/rosetta2019
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc #立即生效
编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用48个核编译为例:
tar zxvf rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz
mv rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz rosetta2019
cd $ROSETTA/main/source/
# 使用gcc编译:
./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi #gcc
# 使用clang编译:
./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi cxx=clang
5. 测试运行
antibody.mpi.linuxgccrelease # gcc
antibody.mpi.linuxclangrelease # clang
参考资料
1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/58384830
2. https://www.cnblogs.com/wq242424/p/5110301.html
(责任编辑：IT)
| 注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。 硬件环境 CPU: 50 cores 内存： 80GB 1. 安装依赖 yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2 2. 编译器的选择 使用GCC编译器 最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta. CentOS 7.8升级gcc-8.2 使用Clang编译器 版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。 yum install epel-release yum install clang clang-devel clang-analyzer 3.OpenMPI的编译与安装 GCC编译环境: CentOS 7.8安装OpenMPI3.1.0 环境变量配置： vim ~/.bash_profile #OpenMPI export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib source ~/.bash_profile #立即生效 编译安装OpenMPI3.1.0 tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz cd openmpi-3.1.0/ ./configure --prefix=/usr/local/openmpi make -j 48 make install Clang编译环境: 环境变量配置： vim ~/.bash_profile export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi_clang/bin source ~/.bash_profile #立即生效 基于clang编译安装OpenMPI3.1.0 #自行编译的方法:clang.并创建软连接。 tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz cd openmpi-3.1.0/ ./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clang make -j 48 make install ln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang 运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。 4.Rosetta的编译与安装 环境变量配置： vim ~/.bashrc #打开.bashrc #Rosetta export ROSETTA=/opt/rosetta2019 export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH source ~/.bashrc #立即生效 编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用48个核编译为例: tar zxvf rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz mv rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz rosetta2019 cd $ROSETTA/main/source/ # 使用gcc编译: ./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi #gcc # 使用clang编译: ./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi cxx=clang 5. 测试运行 antibody.mpi.linuxgccrelease # gcc antibody.mpi.linuxclangrelease # clang 参考资料 1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/58384830 2. https://www.cnblogs.com/wq242424/p/5110301.html (责任编辑：IT) |