1、在尽可能的情况下禁用root远程登录，用普通账户远程登录，然后再切换root进行日常操作。

2、root和其他用户的密码要复杂。

3、修改ssh默认的22端口；

4、使用iptables进行策略控制；

5、关闭没必要的服务，这里涉及到命令chkconfig的使用方法；

chkconfig --list 列出linux从0到6几个开机模式的各个服务的开机启动或者关闭

chkconfig --add XXX 添加启动项

chkconfig --del XXX 删除启动项

chkconfig --level 35 XXX on/off 指定在第三和第五启动模式中开启或关闭XXX服务

6、修改应用程序默认端口：例如mysql：3306

7、检查/etc/rc.local 有没有异常的启动

8、检查crontab有没有异常的启动
 

除了以上，就得需要命令来查找木马所在地方。

ps -ef 查看可疑进程

netstat -an 查看可疑的端口

  top 查看可疑进程利用cpu或者内存的利用率

强调linux系统中是不可能有.exe或者.bat的文件的，如果有一般都是病毒，别人给你传上去的。

    总结,黑客攻击电脑一般首先都是扫描常用服务的端口，如3389、1433、25、等，如果你修改掉就加强了；然后用户账户、密码一定要复杂，而不能是通用的复杂；再就是软件、网站程序之类的漏洞，例如jsp、asp、php 后门之类的漏洞；目录权限；重点要说，笔者强烈建议不要安装多家厂商的杀毒软件，这样对机器性能不好，杀毒软件好使就行；检查好后系统一定要重启检查是否还存在漏洞。当然重装是最简单的、最好、最安全的办法，但还是建议重装前看看服务器大概出的是什么问题，找找原因。要不然后续问题可能会不断重复。