高性能计算之gaussian篇
时间:2016-06-04 16:52 来源:csdn.net 作者:IT
1.gaussian 09的安装
mkdir -p /opt/gauss
cp /software/gauss/gauss09.tar.gz /opt/gauss
cd /opt/gauss
tar xzvf gauss09.tar.gz
chgrp hpcuser g09
cd g09/bsd
./install
vi ~/.bashrc
-----------------------------------------
#for gauss2009 serial
g09root=/opt/gauss
GAUSS_SCRDIR=/tmp
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
-----------------------------------------
运行。
g09 input.gjf &
2.gaussian09 PBS 脚本
在用脚本提交系统时,为了使gauss 2009的模板文件简单,自己写了2个小程序,一个是包装了的g09运行程序,另一个是针对gauss修饰的qsub
g09包装程序比g09主要体现了几点功能.
1.自动清理文件,gauss程序启动前,自动识别已经废弃的gauss临时目录并清理
2.支持一个用户同时在一个结点上同时运行多个gauss作业
3.gauss输入文件进行简单的检查和判断
qsub修饰程序,主要是对用户gauss输入文件进行检查判断和加入一些限制策略。
g09run (使用方法 g09run inputfile)
qsub (使用方法 qsub gauss.job)
3.gaussian 09作业批量提交脚本
提交 input-file-dir中的所有gjf文件。(一个作业可能包含多个输入文件)
input-file-path所有需要提交的作业放入改文件夹，支持文件夹嵌套
number-inputs-per-job表示每个作业放几个输入文件。
chkfile-path表示重新设置这些输入文件中指定的chk文件位置
template-filename表示提交所参照的模板
本脚本采用这样的模板：
#!/bin/sh
#PBS -N gauss_template
#PBS -j oe
#PBS -o gauss.out
#PBS -l nodes=1:ppn=7
#PBS -V
######################################
#......you only need to modify the filename of these line.......#
#............or add lines similar as these...................................#
time g09run $HOME/inputs/test100.gjf
#######################################
exit 0
使用方法
usage 1:sub input-file-name -------------sub one gauss job
usage 2:sub input-file-path number-inputs-per-job chkfile-path template-filename --------sub more gauss jobs
脚本下载
4.gaussian 09输出文件检查判断脚本
检查inputdir中所有的.log文件是否是gaussian程序正常退出的情况。
列出所有未正常结束的文件。
使用方法
usage:checklog inputdir
脚本下载
5.gaussian 03 并行脚本
环境设置
#!/bin/csh
#for gauss2003 serial and parallel
g03root=/opt/gauss
GAUSS_SCRDIR=/tmp
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
pbs模板设置
#!/bin/sh
#PBS -N gauss03_template
#PBS -j oe
#PBS -o gauss03.out
#PBS -l nodes=node1+node2
#PBS -V
time g03run $HOME/inputs/test100.gjf
g03run 脚本下载
关键地方：
1./opt/gauss/g03/linda7.1/common/lib/tsnet.config
该文件中Tsnet.Node.lindarsharg: rsh修改为Tsnet.Node.lindarsharg: ssh
如果不行,在用户目录创建.tsnet.config文件,写入Tsnet.Node.lindarsharg: ssh
2.GAUSS_LFLAGS变量设置
GAUSS_LFLAGS='-vv -nodelist "b14 b15 b16 b17 b18 b19 b20 b21 b22 b23 b24"'
或者
GAUSS_LFLAGS='-vv -nodefile "/tmp/gauss.nodefile"'
/tmp/gauss.nodefile的格式和pbs的 mpi的节点文件相同。
3.gauss03输入文件设置
%NprocLinda=2 //需要几个节点
%Nprocshared=2 //每个节点需要几个核心
在g03run pbs脚本中，如果设置了并行，此配置被pbs配置覆盖
本文来自CSDN博客，转载请标明出处：http://blog.csdn.net/linfengfeiye/archive/2010/03/17/5388798.aspx
(责任编辑：IT)
| 1.gaussian 09的安装 mkdir -p /opt/gauss cp /software/gauss/gauss09.tar.gz /opt/gauss cd /opt/gauss tar xzvf gauss09.tar.gz chgrp hpcuser g09 cd g09/bsd ./install vi ~/.bashrc ----------------------------------------- #for gauss2009 serial g09root=/opt/gauss GAUSS_SCRDIR=/tmp export g09root GAUSS_SCRDIR . $g09root/g09/bsd/g09.profile ----------------------------------------- 运行。 g09 input.gjf & 2.gaussian09 PBS 脚本 在用脚本提交系统时,为了使gauss 2009的模板文件简单,自己写了2个小程序,一个是包装了的g09运行程序,另一个是针对gauss修饰的qsub g09包装程序比g09主要体现了几点功能. 1.自动清理文件,gauss程序启动前,自动识别已经废弃的gauss临时目录并清理 2.支持一个用户同时在一个结点上同时运行多个gauss作业 3.gauss输入文件进行简单的检查和判断 qsub修饰程序,主要是对用户gauss输入文件进行检查判断和加入一些限制策略。 g09run (使用方法 g09run inputfile) qsub (使用方法 qsub gauss.job) 3.gaussian 09作业批量提交脚本 提交 input-file-dir中的所有gjf文件。(一个作业可能包含多个输入文件) input-file-path所有需要提交的作业放入改文件夹，支持文件夹嵌套 number-inputs-per-job表示每个作业放几个输入文件。 chkfile-path表示重新设置这些输入文件中指定的chk文件位置 template-filename表示提交所参照的模板 本脚本采用这样的模板： #!/bin/sh #PBS -N gauss_template #PBS -j oe #PBS -o gauss.out #PBS -l nodes=1:ppn=7 #PBS -V ###################################### #......you only need to modify the filename of these line.......# #............or add lines similar as these...................................# time g09run $HOME/inputs/test100.gjf ####################################### exit 0 使用方法 usage 1:sub input-file-name -------------sub one gauss job usage 2:sub input-file-path number-inputs-per-job chkfile-path template-filename --------sub more gauss jobs 脚本下载 4.gaussian 09输出文件检查判断脚本 检查inputdir中所有的.log文件是否是gaussian程序正常退出的情况。 列出所有未正常结束的文件。 使用方法 usage:checklog inputdir 脚本下载 5.gaussian 03 并行脚本 环境设置 #!/bin/csh #for gauss2003 serial and parallel g03root=/opt/gauss GAUSS_SCRDIR=/tmp export g03root GAUSS_SCRDIR . $g03root/g03/bsd/g03.profile pbs模板设置 #!/bin/sh #PBS -N gauss03_template #PBS -j oe #PBS -o gauss03.out #PBS -l nodes=node1+node2 #PBS -V time g03run $HOME/inputs/test100.gjf g03run 脚本下载 关键地方： 1./opt/gauss/g03/linda7.1/common/lib/tsnet.config 该文件中Tsnet.Node.lindarsharg: rsh修改为Tsnet.Node.lindarsharg: ssh 如果不行,在用户目录创建.tsnet.config文件,写入Tsnet.Node.lindarsharg: ssh 2.GAUSS_LFLAGS变量设置 GAUSS_LFLAGS='-vv -nodelist "b14 b15 b16 b17 b18 b19 b20 b21 b22 b23 b24"' 或者 GAUSS_LFLAGS='-vv -nodefile "/tmp/gauss.nodefile"' /tmp/gauss.nodefile的格式和pbs的 mpi的节点文件相同。 3.gauss03输入文件设置 %NprocLinda=2 //需要几个节点 %Nprocshared=2 //每个节点需要几个核心 在g03run pbs脚本中，如果设置了并行，此配置被pbs配置覆盖 本文来自CSDN博客，转载请标明出处：http://blog.csdn.net/linfengfeiye/archive/2010/03/17/5388798.aspx (责任编辑：IT) |